制藥工業廢水通常屬于較難處理的高濃度有機廢水之一，處理方法有生物處理技術、物化處理技術、化學處理技術以及多種方法的組合處理等,各種處理技術具有各自的優勢也存在不足。

生物處理技術是目前制藥廢水廣泛采用的處理技術，其中活性污泥是比較成熟的技術之一。采用生物處理技術消除有機污染物是為的方式，大體上包括好氧生物法、厭氧生物法、好氧-厭氧等組合方法。

好氧生物處理:由于制藥廢水大多是高濃度有機廢水,進行好氧生物處理時一般需對原液進行稀釋,因此動力消耗大,且廢水可生化性較差,很難直接生化處理后達標排放,所以單獨使用好氧處理的不多,一般需進行預處理。常用的好氧生物處理方法包括活性污泥法、加壓生化法、深井曝氣法、生物接觸氧化法、生物流化床法、氧化溝法。

厭氧生物處理:目前國內外處理高濃度有機廢水主要是以厭氧法為主,但經單獨的厭氧方法處理后出水COD仍較高,一般需要進行后處理(如好氧生物處理)。目前仍需加強厭氧反應器的開發設計及進行深入的運行條件研究。在處理制藥廢水中應用較成功的有復合式厭氧反應器、上流式厭氧污泥床反應器、厭氧膨脹顆粒污泥床反應器等。

厭氧-好氧組合處理:厭氧處理和好氧處理各有優缺點，厭氧工藝能夠承受更高的進水有機物濃度和負荷，能降低運行耗能，且可回收能源，但操作管理比較復雜，出水的COD仍然較高，難以達標排放;好氧處理工藝可以更*地降解廢水中的有機物，但高濃度有機廢水直接進行好氧處理時，需要對原廢水進行高倍數的稀釋，同時消耗大量能源。將兩種工藝組合串聯起來，可以發揮各自的優點，彌補不足。厭氧-好氧組合工藝成為了現今處理包括制藥廢水在內的高濃度有機廢水的主流工藝。

此種處理技術工藝路線為：前處理-厭氧-好氧組合工藝。前處理的主要方法有生物水解酸化、沉淀、絮凝、過濾等。優先采用的厭氧工藝主要采用上流式厭氧污泥床反應器以及上流式厭氧污泥床過濾器。好氧工藝主要采用生物接觸氧化、好氧流化床和序批式間歇反應器。